棉花-华大基因

  • 【谱          系】 真核生物[3030];绿色植物[350];链型植物[306];有胚植物[305];维管植物[303];种子植物[300];被子植物[294];双子叶植物[227];洋二仙草分支[222];五瓣花植物分支[222];蔷薇分支[142];锦葵分支[57];锦葵目[13];锦葵科[12];锦葵亚科[7];棉花属[4];陆地棉[1]。
  • 【描          述】 棉属包括几种不同的棉种。它是一种重要的农艺纤维作物,是热带和温带地区的重要油料作物。棉花种子产生毛状体,是特化的种子毛,是最长的植物细胞之一。除了它的经济价值外,棉花在生物学研究中也具有重要作用,研究者利用棉花建立了一个有趣的系统,来研究与细胞分化、细胞膨胀和细胞壁变化有关的基本细胞过程。栽培种棉花的染色体倍性分布在二倍体(2n=26)和异源四倍体(2n = 4x = 52) 之间。异源四倍体物种陆地棉(G. hirsutum L.)是世界上最重要的纤维作物和模式多倍体作物。棉属包括46个二倍体和5个四倍体棉种,所有的二倍体棉种均来自同一祖先,经演化形成了A、B、C、D、E、F、G和K基因组,四倍体棉种的基因组类型为AD。目前认为AD基因组是由A基因组祖先与D基因组祖先杂交后染色体加倍而形成的,其中就包括陆地棉。高质量组装异源多倍体植物基因组是一个艰难的任务,因为这种基因组比较大,包含大量的重复序列和高度同源的亚基因组。2007年12月,棉花所联合国内外优势科研单位,率先在国际上牵头启动了棉花基因组计划。2012年8月,雷蒙德氏棉(D基因组)全基因组图谱绘制完成。2014年4月,亚洲棉(A基因组)全基因组测序完成工作。在上述工作的基础上,2015年4月,完成了四倍体棉花-陆地棉(AD组)基因组的测序、组装及分析工作。
  • 【提   交   者】 华大基因
  • 【发 布 时 间】2015/4/29
  • 【数 据 来 源】NCBI
  • 【组 装 级 别】染色体
  • 【组          装】 GCF_000987745.1 ASM9870V1 染色体:28 骨架片段:9148 重叠群:57884 N50:78306 L50:8041
  • 【NCBI  编号】 PRJNA320881 PRJNA259930
  • 【总长  (MB)】2189.14
  • 【蛋白质计数】90927
  • 【G C 含量%】34.9006
  • 下 载
【1】Genome sequence of cultivated Upland cotton (Gossypium hirsutum TM-1) provides insights into genome evolution. Li F, et al. Nat Biotechnol 2015 May
【2】Genome-wide analysis of the WRKY gene family in cotton. Dou L, et al. Mol Genet Genomics 2014 Dec
【3】Molecular cloning and function analysis of two SQUAMOSA-Like MADS-box genes from Gossypium hirsutum L. Zhang W, et al. J Integr Plant Biol 2013 Jul
【4】Identification and characterization of (E)-β-caryophyllene synthase and α/β-pinene synthase potentially involved in constitutive and herbivore-induced terpene formation in cotton. Huang X, et al. Plant Physiol Biochem 2013 Dec
【5】The cotton ATP synthase δ1 subunit is required to maintain a higher ATP/ADP ratio that facilitates rapid fibre cell elongation. Pang Y, et al. Plant Biol (Stuttg) 2010 Nov
【6】Cotton GhPOX1 encoding plant class III peroxidase may be responsible for the high level of reactive oxygen species production that is related to cotton fiber elongation. Mei W, et al. J Genet Genomics 2009 Mar
【7】Molecular characterization and expression analysis of nine cotton GhEF1A genes encoding translation elongation factor 1A. Xu WL, et al. Gene 2007 Mar 1
【8】The complete chloroplast genome sequence of Gossypium hirsutum: organization and phylogenetic relationships to other angiosperms. Lee SB, et al. BMC Genomics 2006 Mar 23
【9】tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence. Lowe TM, et al. Nucleic Acids Res 1997 Mar 1
【10】Structures and functions of annexins in plants. Delmer DP, et al. Cell Mol Life Sci 1997 Jun
【11】Genome sequence of cultivated Upland cotton (Gossypium hirsutum TM-1) provides insights into genome evolution. Li F, et al. Nat Biotechnol 2015 May

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